Au début du projet de la construction du site de Préfargier, Auguste-Frédéric de Meuron, le fondateur, envisage de remettre l’établissement à l’Etat une fois terminé. Mais la Révolution neuchâteloise de 1848 remet ce projet en cause. Il décide alors de créer une fondation complètement indépendante de l’Etat pour gérer La Maison de Santé de Préfargier, et il restera à sa tête jusqu’à sa mort en 1852.

En 1915, la Fondation de Préfargier telle qu’on la connait encore aujourd’hui est créée, elle gérera l’établissement jusqu’en 2009, date à laquelle La Maison de Santé de Préfargier rejoint le CNP.

La Fondation de Préfargier reste propriétaire des bâtiments historiques et du terrain; le CNP bénéficie de son côté d’un droit de superficie et assure l’exploitation, tant médicale qu’administrative, de l’hôpital des origines, l’œuvre avant-gardiste d’Auguste-Frédéric de Meuron.

Aujourd’hui, la Fondation est toujours active dans le domaine du soin en santé mentale, notamment en finançant des projets de recherches en santé mentale.